PKBM Ky Ageng Giri menerapkan Kurikulum Merdeka dalam kegiatan pembelajarannya. Kurikulum ini bertujuan untuk memberikan keleluasaan kepada peserta didik dalam mengembangkan kompetensi dan potensi sesuai minat dan bakat masing-masing. Pembelajaran lebih berpusat pada siswa, bersifat fleksibel, dan mendorong kreativitas serta karakter peserta didik.